STAIT Yogyakarta telah menerbitkan 4 Jurnal Ilmiah :

Jurnal ŚALIĤA

Jurnal Pendidikan dan Agama Islam

Jurnal ÁL-FÂHIM

Jurnal Manajemen Pendidikan Islam

Jurnal QULUBANA

Jurnal Manajemen Dakwah

Jurnal MUJAHADA

Jurnal Penelitian dan Pengabdian Masyarakat