Dalam melaksanakan kontrol kualitas pendidikan, STAIT Yogyakarta memiliki Unit Penjaminan Mutu Internal, adapun struktur kepenguusan seperti berikut:
Ketua : Endang Pardijatmi, M.Pd.
Koordinator Audit Internal : Denas Hasman Nugraha. M.E.K.
Koordinator Sistem Dokumen : Ricky Satria Wiranata, M.Pd
Koordinator Data dan Statistik : M. Zainal Abidin, M.Pd.,M.H.