Dalam melaksanakan kontrol kualitas pendidikan, STAIT Yogyakarta memiliki Unit Penjaminan Mutu Internal, adapun struktur kepenguusan seperti berikut:
Ketua Unit : Endang Pardijatmi, M.Pd.
Sekretaris : Wahyu Ari Cahyani. M.Pd.
Koordinator Implementasi : Suprih Hidayat, M.PA.
Koordinator Audit : Ricky Satria Wiranata, M.Pd
Pengendali Sistem Mutu MPI : Syarif Hidayat, M.Pd.M.S.I.
Pengenda Sistem Mutu MD : Ahyar, M.E
Pengendali Sistem Mutu PIAUD : Adin Suryadin, M.Si.