Unit Pelaksana Teknis (UPT) adalah satuan organisasi yang bersifat mandiri yang melaksanakan tugas teknis operasional dan/atau tugas teknis dari organisasi induknya.  STAIT Yogyakarta memiliki beberap UPT:

  1. Penelitian dan Pengabdian Masyarakat
  2. Penjamin Mutu Internal
  3. Perpustakaan
  4. Laboratorium Dakwah
  5. Laboratorium Mikro Teaching
  6. E-Learning
  7. Informasi Akademik