Unit Pelaksana Teknis (UPT) adalah satuan organisasi yang bersifat mandiri yang melaksanakan tugas teknis operasional dan/atau tugas teknis dari organisasi induknya. STAIT Yogyakarta memiliki beberap UPT:
- Penelitian dan Pengabdian Masyarakat
- Penjamin Mutu Internal
- Perpustakaan
- Laboratorium Dakwah
- Laboratorium Mikro Teaching
- E-Learning
- Informasi Akademik