Dalam sebuah organisasi internal atau eksternal kampus khususnya untuk mahasiswa tentunya pernah merasakan yang namanya bermusyawarah secara bersama demi mencapai keputusan yang telah disepakati. Dalam kalangan pelajar atau mahasiswa pada umumnya Musyawarah Besar biasanya muncul pada saat akhir kepengurusan. Karena pada saat musyawarah besar ada beberapa hal yang perlu untuk di mufakatkan seperti tata tertib sidang, pembahasan AD/ART lembaga, Laporan Pertanggungjawaban setiap departemen yang bertanggung jawab dalam kepengurusan, beberapa pembahasan progam kerja untuk kepengurusan selanjutnya dan pemilihan kepengurusan selanjutnya.
Badan Eksekutif Mahasiswa Sekolah Tinggi Agama Islam Terpadu Yogyakarta Periode 2019/2020 pada tanggal 19-20 Desember 2020 telah melakukan Musyawarah Besar (MUBES) yang bertempat di Ruang Aula Kampus STAIT Yogyakarta. Sebelum masuk pada acara yang paling inti dari musyawarah besar, mahasiswa mengikuti pelatihan leadership bersama Kak Kholil Hasyim Nur Mahmud yang bertujuan untuk meningkatkan jiwa kepemimpinan pada diri mahasiswa.
Setelah itu dilanjut dengan pelatihan pimpinan sidang bersama bapak Rz. Ricky Satria Wiranata, M.Pd., yang bertujuan untuk memberi tahu peraturan dalam persidangan dan macam-macam sidang. Dari hasil MUBES tanggal 19-20 Desember 2020 telah terpilihnya saudara Rachmad Nur Fauzi sebagai Presiden BEM STAIT Yogyakarta Periode 2020/2021.