Sekolah Tinggi Agama Islam Terpadu (STAIT) Yogyakarta berdiri sejak tahun 1995 dengan nama awal Sekolah Guru Taman Kanak-kanak Islam Terpadu (SGTKIT). Pada tahun 2010, STAIT Yogyakarta mendapatkan ijin operasional dengan SK no : Dj.I/351/2010. Saat ini STAIT Yogyakarta membuka 2 program studi yaitu Manajemen Pendidikan Islam (S1) dan Manajemen Dakwah (S1)
Pendirian STAIT Yogyakarta ini didorong oleh penyiapan sumber daya manusia untuk menjadi tenaga pendidik dan pengelola lembanga keuangan syariah (BMT) jaringan BIAS oleh karenanya STAIT Yogyakarta menempatkan semau lulusannya di sekolah unggulan jaringan BIAS dan lembaga keuangan syariah (BMT) BIAS.
Dalam perkembangannya, lulusan STAIT Yogyakarta juga menerapkan di lembaga Pendidikan unggulan lainnya, serta memiliki kualifikasi standar untuk menjadi tenaga kerja yang diakui oleh pemerintah.